Penyimpanan madu akan dapat mempengaruhi mutu.
Suhu penyimpanan untuk madu yang terbaik adalah 36 s/d 38 C dengan kelembaban 75 s/d 78 persen. Dengan cara ini madu dapat tahan 2 s/d 4 minggu lamanya tanpa banyak mengalami penurunan mutu.

Madu suhu ruang (+/- 25 C) memiliki kadar keasaman rata-rata
Kadar keasaman rata-rata pada suhu ruang adalah 45 ml NaOH 0,1N/kg dan madu suhu dingin (+/- 5 C) kadar keasaman rata-rata 32 ml NaOH 0,1N/kg. Kadar air madu suhu ruang rata-rata 28,595% dan kadar air madu suhu dingin rata-rata 27,112%.

Kelembaban relatif (Rh) Indonesia berkisar 60% hingga 90%
Kelembaban relatif (Rh) ini menghasilkan kadar air madu sekitar 18,3% sampai 33,1% (Sihombing, 2005). Kadar air yang rendah akan menjaga madu dari kerusakan untuk jangka waktu yang relatif lama. Prasetya and Andi (2014) menjelaskan bahwa kandungan kadar air yang tinggi pada madu akan merangsang aktifitas khamir untuk tumbuh dan berkembang dalam madu.

252/626|04-19